提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
黑龙江省鹤岗市人大常委会原党组书记、 副主任康晓峰接受纪律审查和监察调查******url:https://m.gmw.cn/2022-12/28/content_1303237295.htm,id:1303237295
中央纪委国家监委网站讯据黑龙江省纪委监委消息:黑龙江省鹤岗市人大常委会原党组书记、副主任康晓峰涉嫌严重违纪违法,目前正接受纪律审查和监察调查。
康晓峰简历
康晓峰,男,汉族,1962年2月生,黑龙江鹤岗人,1981年5月参加工作,1989年7月加入中国共产党,黑龙江省委党校经济管理专业和哈尔滨工业大学高级管理人员工商管理专业毕业,在职研究生学历,高级工商管理硕士学位,工程师。
1981.05—1987.07鹤岗市林业局对外贸易木制品厂工人(其间:1985.09—1987.07鹤岗广播电视大学党政干部专修班学习)
1987.07—1990.12 鹤岗市林业局人造板厂代副厂长
1990.12—1994.10 鹤岗市林业局人造板厂副厂长
1994.10—1995.05 鹤岗市林业局木材综合加工厂副厂长
1995.05—1998.01 鹤岗市林业局木材综合加工厂厂长
(1994.09—1997.12中国人民大学行政管理专业在职大学学习)
1998.01—2001.05 鹤岗市林业局党委委员、副局长
2001.05—2001.08 鹤岗市林业局党委副书记、局长
2001.08—2008.04鹤岗市林业局党委书记、局长(其间:2002.03—2005.01黑龙江省委党校经济管理专业在职研究生学习)
2008.04—2011.08 绥滨县委副书记、县长
2011.08—2015.12 绥滨县委书记
(2009.08—2011.12哈尔滨工业大学高级管理人员工商管理专业在职研究生学习,获高级工商管理硕士学位)
2015.12—2016.01 鹤岗市人大常委会副主任候选人
2016.01—2016.12 鹤岗市人大常委会副主任
2016.12—2018.12 鹤岗市人大常委会党组书记、副主任
2018.12—2022.03 鹤岗市人大常委会党组副书记、副主任
2022.03 退休
(黑龙江省纪委监委)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)